Det spelar såvitt jag vet ingen större roll, det beror i.o.f.s. vart du tänkt importera det, filerna innehåller inte direkt lika mycket data.
Här är beskrivet skillnaderna, och då får man välja format efter vad man ska använda det till, gpx är ett generellt format som fler har stöd för, tcx innehåller lite mer information och fit är "raw" data där mer information finns.
https://forums.garmin.com/forum/into-sports/cycling/edge-1030-aa/1356233-ride-with-gps-export-fit-vs-tcx..................................................................................................
https://forums.garmin.com/forum/into-sports/garmin-connect/51137-.................................................................................................
https://forums.garmin.com/forum/into-sports/cycling/edge-800-aa/21178-difference-between-course-and-route